Территориальные органы ФАС России в соответствии с действующим законодательством осуществляет свою деятельность на территории Томской области во взаимодействии с иными территориальными органами федеральных органов исполнительной власти, органами государственной власти соответствующих субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями, в том числе с многофункциональными центрами предоставления государственных и муниципальных услуг.

Полный список межведомственных органов (рабочих групп) и иных мероприятиях, участие в которых принимают сотрудники Томского УФАС России представлен на официальном сайте Управления в разделе «Об управлении» подразделе «Соглашения о взаимодействии».

Томским УФАС России при наличии оснований с целью проведения контрольных мероприятий по выявлению нарушений антимонопольного законодательства может быть организовано взаимодействие с Прокуратурой Томской области, территориальными органами Министерства внутренних дел, Федеральной налоговой службы, Росфинмониторинга, Федерального казначейства, с другими органами.

С региональными органами власти Томской области Управление взаимодействует путем участия в мероприятиях, направленных на повышение правовой грамотности в сфере антимонопольного законодательства, адвокатирование конкуренции, внедрение антимонопольного комплаенса.

Например, в 2021 году Томское УФАС России участвовало в  Комиссии по координации работы по противодействию коррупции в Томской области при Администрации Томской области, в семинаре-совещании на тему «Актуальные вопросы внедрения антимонопольного комплаенса», организованном Администрацией Томской области для представителей органов местного самоуправления муниципальных образований Томской области.

На постоянной основе представители отдела контроля монополистической деятельности Управления принимают участие в заседании правления Департамента тарифного регулирования Томской области.

Также при Томском УФАС России действует Совет по вопросам контрактной системы в сфере закупок. На заседаниях Совета принимают участие представители уполномоченных на осуществление закупок для государственных и муниципальных нужд органов власти, например, Департамента государственного заказа Томской области, отдела муниципального заказа и тарифной политики Администрации ЗАТО.

Ежегодно руководитель Томского УФАС России в рамках реализации поручения Президента Российской Федерации проводит личный прием граждан в Приемной Президента Российской Федерации.